《六福客栈》的故事发生在抗日战争时期的中国。格拉迪（英格丽·褒曼 Ingrid Bergman 饰）是一名虔诚的基督教徒，历经重重困难后终于获得加入传教团的资格，远赴中国开展传教工作。她以六福客栈为活动据点，而当时正值战乱，物资极度匮乏，四周也危机重重。即便身处如此艰苦的环境，格拉迪依然坚守自己的责任，从未轻易放弃。
传教期间，格拉迪结识了国民党情报官林（尤尔根斯·库尔特 Curd Jürgens 饰）。两人在动荡的时代中逐渐产生感情。林认为当地危机四伏，劝格拉迪尽快返回英国，但她始终没有答应。后来，格拉迪接手了50名孤儿，并决定护送他们前往西安。
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