《新无仁义之战》以昭和25年为背景，山守组小头目三好万龟夫（菅原文太 饰）在一次袭击敌对帮派头目的行动中被捕，并被判处11年徒刑。三好服刑期间，日本经济逐渐复苏，韩战爆发，山守组也随之迅速壮大。然而，组织内部已悄然分裂为山守、青木和难波三派。为了扩充各自的势力，三派先后向三好抛出橄榄枝，表面上的和睦之下却暗藏着激烈争斗。
三好假释数日后，难波（中谷一郎 饰）遭到杀害。幕后操纵这一切的青木（若山富三郎 饰）转而寻求广岛最大组织海津组的支持，并联合难波组第二代头领野崎（室田日出男 饰），最终逼迫山守组组长（金子信雄 饰）退位。登上权力顶峰的青木很快成为众矢之的，在险遭暗杀后开始策划反击。与此同时，三好伺机复仇，被迫退位的山守谋划东山再起，而难波组第二代关胜（松方弘树 饰）也誓要为组长报仇。各方势力暗中蓄势，一场交织着阴谋与仁义的黑帮战争即将爆发。
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