《基地疑云》讲述了一桩发生在巴拿马丛林中的神秘失踪案。南森·韦斯特（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson饰）是美国训练基地里出了名的严厉教官，他冷酷强硬的作风让自己与学员之间始终关系紧张。汤姆·哈代（约翰·特拉沃塔 John Travolta饰）曾是韦斯特的学员，也一直对这位教官怀有怨恨，如今则担任美国药品管理局官员。
一次飓风过后，六名受训学员和韦斯特在巴拿马丛林中离奇失踪，仅有丹巴（布莱恩·范·霍尔特 Brian Van Holt饰）与肯达尔（吉奥瓦尼·瑞比西 Giovanni Ribisi饰）两名学员生还。哈代奉命与军方调查官员朱丽娅少尉（康妮·尼尔森 Connie Nielsen饰）共同查明真相。然而，随着调查逐步深入，两名幸存者的证词却彼此矛盾，案件也因此变得更加扑朔迷离。隐藏在重重谎言与欺骗背后的，究竟是谁在说谎？那场失踪事件又掩盖着怎样可怕的事实？
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