《天然子结构》讲述了右田素夜（夏帆饰）在木村成长的故事。这里生活简朴而安逸，她就读的中学还是一所中小学混合学校，全校只有6名学生，年龄各不相同的孩子们一直相处融洽。直到从东京转学而来的大泽广海（冈田将生饰）出现，村里的平静才被打破。素夜主动而热情地接近这位同龄男孩，广海却个性自我，让人难以亲近。
夏天，同学们常常结伴去海边游泳。通往海边有一条近路，但村里人始终认为那里带有灵异色彩，广海却坚持从那条路前往。途中意外发生，素夜陷入困境，幸亏广海及时出手相助。后来，素夜得知广海是自己从前邻居的孙子，也逐渐对他产生了好感。然而，两人的交往遭到了素夜父亲的反对，素夜也因此发现了父亲与广海母亲之间尘封的往事。沉浸在初恋甜蜜中的两人共同度过了几个重要节日，但毕业的日子终究还是到来了。
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