南宋年间，通古县接连发生孩童失踪事件，百姓人心惶惶。前任县令为谋取私利，假借河神之名暗中掳掠儿童，并散播以孩童祭祀便能平息灾祸的谣言，使民众深信不疑。电影《宋慈之河神案》中，宋慈奉命前往通古县查案，他一再向百姓说明所谓河神祭祀不过是无稽之谈，并承诺查明真相。宋慈的出现令老县令感到威胁，对方随即授意党羽对他阳奉阴违、暗中施压，甚至企图将其悄无声息地除掉。
与此同时，危险不断逼近，孩童仍接连失踪，百姓也逐渐失去对宋慈的信任，转而逼迫他尽快祭祀河神。面对重重压力，宋慈没有退缩，而是凭借缜密推理和高超的法医学手段，从尸体留下的线索中还原真相，逐步锁定幕后真凶，并揭开隐藏在河神传说背后的巨大阴谋。最终，他不惜以性命相搏，将真凶绳之以法。
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