施奈德回到故乡后，四只曾经亲如兄弟的神龟失去了共同的敌人，也不再像从前那样并肩战斗，而是分别投入自己感兴趣的领域。昔日形影不离的忍者神龟，如今变成了四个各自行动的“独行侠”。
与此同时，纽约市接连发生一系列怪事。实业家马克西米林安·J·威特斯企图征服这座城市，并秘密组建了一支由远古怪兽组成的军队；再加上臭名昭著的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力开始在城市各处蠢蠢欲动。面对新的危机，忍者神龟重新进入备战状态，再次团结起来，准备向这些黑暗势力发起反击。
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