《我爱太空人1988》讲述了山姆（甘国亮 饰）的故事。将妻儿送往加拿大后，山姆独自回到香港，却发现公司早已有人取代了自己的位置。与此同时，阿珍（恬妞 饰）和丈夫也准备移民加拿大，只是丈夫选择先行赴加打拼，留下她在香港等待消息。
一次又一次的意外，让处境相似的山姆与阿珍相识。阿珍因外貌出众而受到上司偏爱，但她始终拒绝对方的不轨企图，最终惹怒上司，被降了职。平日里无处倾诉的两人逐渐成为彼此的依靠，在互相慰藉、倾诉心事的过程中，感情也悄然滋长。当他们沉浸在这段禁忌感情带来的甜蜜中时，山姆妻子的突然出现，打破了两人共同憧憬的美梦。
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