《无间道长之神剑门》讲述了一个发生在远古、鲜为人知的时代的故事。年迈的无间道长为镇魔伏妖，常年驻守青峰山，守护魔洞出口。十年之约到来之际，黑将军现身，与无间道长激战数十回合。两人虽始终难分胜负，却最终落得两败俱伤：黑将军因元气大损化为婴孩，无间道长也因身受内伤，深知自己时日无多，于是将毕生功力传给爱徒无邪，并嘱托他将这个婴孩抚养成人、引入正道，重振神剑门。
数年后，太子夜观天象，发现天降异象，随即召无邪出征灭魔，并派朱雀、玄武随行。尽管众门徒和长老纷纷反对，无邪仍坚持带师弟无界前往青峰山。一方面，他想让无界见识外面的世界；另一方面，也希望借此考验无界是否与魔道有缘。无界虽是魔之子，却天性善良，长大后不喜武学，反而专心钻研医术。
一路上危机四伏，邪魔不断现身，接连而来的恶战令无邪和无界面临重重考验。前往青峰山脏洞，鬼泉镇是必经之地。无邪、无界、朱雀和玄武来到荒凉寂静的鬼泉镇，决定留宿一晚，待天亮后再进入青峰山。然而就在此时，暗黑邪王终于现身，并将无界掳走。
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