榫卯讲述了古建复建工程师陈文远的故事。面对城市化与现代化进程，他逐渐产生怀疑与抵触，最终决定辞职回到家乡生活。然而，身为房地产设计师的妻子并不赞成他的返乡打算。此时，陈文远在工地上意外遇见父亲，并得知原本位于千里之外的家祠也被买到了这里。父子二人由此共同承担起异地重建家祠的任务。
在重建过程中，作为家祠精神象征的匾额始终下落不明，而一向对往事讳莫如深的父亲也突然不辞而别。直到文远带着妻子和孩子，在母亲祭日当天回到家乡，他才逐渐读懂父亲对母亲深沉的感情，也触及了父亲始终不愿面对的内心伤痛。最终，陈家祠得以完整重建，但陈文远记忆中的那个乡土中国，也早已悄然远去。
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