《海云台》的故事发生在韩国釜山海云台。2004年印度尼西亚海啸期间，船长万植因一次失误导致妍熙的父亲遇难，自此一直深陷自责，并始终无微不至地照顾这位邻家妹妹。相处日久，两人渐渐暗生情愫，但万植的中学同学吴东春并不看好这对命运多舛的恋人。
万植的弟弟亨植是一名海上救生员，他在一次救援行动中结识了富家小姐金希美。两人随后展开了一段阴差阳错的交往，也因此闹出了不少误会。另一边，维珍作为推动海云台成为世博会旅游观光点的大使，正经营着自己的生活。她与前夫、国际海洋研究所地质专家金辉育有一女，如今却已经另觅爱人。金辉对此十分苦闷，却仍专注于地质观测，并发现大马岛与海云台东海一带的地质状况，竟与2004年印度尼西亚海啸前极为相似。一场罕见的巨大海啸正在逼近海云台，然而灾难防御厅却对此并不在意。
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