《消失在远空中》的故事发生在北海道马醉村。这个宁静的村庄即将被改建为机场，少年楠木亮介的父亲雄一郎正负责相关工程。亮介也因此随父亲从都市转学来到马醉村。清秀俊朗的他与质朴的乡村环境显得有些不协调，却很快受到女孩们的欢迎，也招来了男孩们的嫉妒。调皮的土田公平为了心爱的女孩与亮介发生冲突，没想到两人不打不相识，最终成为朋友。后来，他们又遇见了神秘少女柏手绯春——她一直在等待UFO的出现。这个夏天，三个孩子的生活因此变得格外丰富多彩。与此同时，机场建设计划遭到当地村民抵制，成年人之间的争执持续升级，并逐渐波及孩子们的世界。
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