特工狂花1996讲述了女教师萨曼莎（吉娜·戴维斯 Geena Davis 饰）与8岁的女儿在宁静小镇过着平静安逸的生活。除了曾经失去部分记忆，这样的日子几乎令她感到满足。一次车祸后，沉睡已久的记忆逐渐苏醒，脑海中闪现的零碎片段让她开始怀疑自己的真实身份。
在私家侦探米奇（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson 饰）的帮助下，萨曼莎得知自己过去竟是一名联邦调查局特工。由于她曾意外知晓上司的秘密，在调查局内部早已成为不受欢迎的人物。如今，萨曼莎还活着的消息迅速传开，残暴的恐怖分子也随之找上门来。面对不断逼近的危险，她和女儿都成了对方追杀的目标，而他们的目的只有一个：彻底除掉萨曼莎。
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