《颜色杀机》讲述了一桩发生在艺专校园里的连环命案。深夜，模特苗青红在一间画室内惨遭杀害，正在另一间画室临摹《诅咒之眼》的陈天华教授因此受到惊动。警方随即派李探长与若男展开调查。同为艺专教授的张澜透露，苗青红曾是青楼头牌，陈天华看中她的艺术天赋，破例让她进入艺专。这番话让若男逐渐将怀疑的目光锁定在陈天华身上。
案件尚未侦破，张澜又在家中离奇死亡，校园内顿时陷入恐慌。此时，凶手通过纸条向若男发出挑衅。若男预判凶手还会继续作案，立即安排学生集中到大礼堂避险。然而，学生们对此满腹怨言，最终纷纷离开。随后，凶手果然再次行动，在食堂投毒，导致五名学生中毒昏倒。经过全力抢救，只有一名叫何丹的学生仍处于昏迷状态。
调查过程中，众人发现连续遇害者的名字中都带有颜色：苗青红对应“红”，张澜对应“蓝”……这使他们联想到艺专流传已久的《诅咒之眼》。传说艺专所在地昔日是一座王府，王爷请来的画师曾与格格发生不伦之恋。画师在被王爷刺瞎双眼前，用红、黑、紫、蓝、白、黄六种纯色绘成一只眼睛，并将其命名为“诅咒之眼”，据说这幅画会引发接连不断的血案。
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