《风雨百泉》讲述了抗日战争前夕发生在药都百泉的一场生死较量。黑龙会杀手奉日本军方之命，前来寻找剧毒“全虫”，企图将其制成秘密武器。几经周折的买药过程中，药铺学徒常宝察觉了对方的真实身份。为了保护全镇药商、阻止日本人的阴谋，常宝与黑龙会杀手斗智斗勇。
眼见计划受阻，黑龙会杀手对全镇药商展开血腥屠杀，逼迫他们交出“全虫”。为拯救百姓，常宝孤身赴约，却因寡不敌众陷入危境。危急时刻，镇长带人赶到，与百姓合力消灭了日本人，烧毁所有“全虫”，并停办药交会，直至将日本人彻底赶出中华大地。
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