《飞吧，霹雳》讲述了发生在茫茫沙漠空军基地里的故事。一群外形各异、生活自在的飞机原本过着平静的日子，却因一名偷油贼的出现而被打破了宁静。更令人意外的是，这名偷油贼竟是最新式的战斗机霹雳，也是基地里几乎所有飞机心目中的偶像。
在与基地战斗机雷鸣的较量中，霹雳意外落败。心有不甘的他决定留在基地刻苦训练，重新赢回尊严。相处的日子里，霹雳与救生机小雨逐渐产生了感情。一次外出任务中，两人彼此扶持、共同渡过难关，基地里的飞机也深入沙漠寻找他们，并帮助他们躲过了风暴袭击。
然而，就在众飞机以为危机暂时解除时，一场更为猛烈的风暴正悄然逼近。面对巨大的生存挑战，霹雳和伙伴们将如何抉择？刚刚萌芽的爱情能否经受住茫茫沙海的考验？在危险面前，他们究竟会各自求生，还是团结起来共同抗争？友情、爱情与兄弟情，能否带领他们找到生命的出口？
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