《鱼狗》的故事发生在台湾。鱼仔（张雁名饰）因经不起重金诱惑，受人指使刺杀一名议员，却被意外射出的流弹击中警员阿狗（陈恩峰饰）的妻子美萍（白歆惠饰）。美萍因此身亡，女儿佩佩（陈诗颖饰）也因受到过度惊吓而陷入自闭。阿狗发誓要找出凶手，为妻子报仇。
警方随后击毙了四名被误认为凶手的人，但阿狗始终坚信真正的犯人另有其人。一次偶然的相遇中，他与鱼仔重逢，并发现两人竟是多年以前的同乡。就在阿狗意识到鱼仔正是真凶时，鱼仔已经泅水迅速逃离。
之后，鱼仔绑走佩佩，带着她回到阔别已久的故乡。年迈的父亲将佩佩错认成多年前去世的女儿，这一幕令站在一旁的鱼仔不禁泪湿双眼。得知女儿被绑后，性情暴烈的阿狗带着鱼仔的妻子和孩子前去营救。经过一番良心与情感的救赎，两人最终交换了人质……
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