清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰饰）同时也是天地会成员，一心反清复明。因遭同门师兄马宁儿（计春华饰）出卖，洪熙官的家人惨遭叛徒杀害，唯有幼子文定（谢苗饰）侥幸逃过一劫。洪熙官刺中马宁儿后，以为他已经死去，便带着文定踏上浪迹天涯之路。途中，父子二人与靠行骗为生的朱小倩、红豆母女相遇，由此引发了一连串风波。
与此同时，少林寺遭遇劫难。为防藏宝图落入朝廷之手，至善禅师将图案纹在五名年幼的俗家弟子背上，并写下密函通知洪熙官，嘱托他务必护送孩子们前往天地会。然而，马宁儿并未真正死去。他在重伤后变成了浑身剧毒、刀枪不入的怪物，不仅杀害天地会总舵主，还一路追杀这五名孩子。
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