《海狼粤语》讲述了从越南逃出的John（任达华饰）来到菲律宾，在哥哥经营的货轮上帮忙，却意外发现哥哥一直靠杀人越货牟取暴利，手上早已沾满鲜血。
一天，货轮驶往香港途中，遇到一群被困海上的越南难民。船员表面上答应救援，待难民登船后却突然露出凶相，展开残酷屠杀。John认出昔日好友Garry（周景扬饰），不顾一切将他救下，但Garry也在混乱和撞击中失去了记忆。
货轮抵达香港码头后遭到盘查。身份不明的Garry打伤警察并跳船逃走，货轮因此被当局扣押。船长等人担心Garry恢复记忆后说出船上杀人越货的秘密，便派出船员四处追杀。接下来的几天里，码头接连发生多起凶杀案。香港警队女督察（杨丽菁饰）经过调查，发现案件似乎都与逃走的Garry有关，于是立即展开追捕，却在追查过程中逐渐察觉，事件背后还隐藏着另一重真相。
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