《新洗冤录（粤语版）》将故事设定在大宋淳祐七年的钦州灵龙镇。当地灾祸接连不断，百姓纷纷传言是蛟龙作乱，只有把童男童女投入锁龙井供蛟龙吞食，才能换来太平。这个残酷的祭祀恶俗延续已久，不知有多少无辜孩童因此葬身井中，镇上哭声不绝，家中有孩子的百姓更是惶惶不可终日。
新科进士庄严出任主簿后，决意亲自进入锁龙井调查所谓的蛟龙事件，却因触怒当地势力而被投入大牢。灵龙县仵作小宛为了营救心上人，不远千里请出已经金盆洗手的宋慈，协助查清案件真相。面对层层疑点，宋慈与小宛携手追查、突破重重阻碍，终于在庄严行刑前揭开真相，还他清白。小宛也在众人见证下正式拜宋慈为师，学习验尸断案之术。
正当灵龙镇逐步恢复平静之际，宋慈却意外发现，隐藏在这起案件背后的真相，远比自己最初想象的更加复杂。
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