《筒子楼超人》讲述了一段跨越二十年的奇幻故事：二十年前，一对外星父子乘着陨石坠落地球，并从此隐瞒身份生活。
校花黄梓晨在一档惩恶整蛊直播节目中曝光一家售卖地沟油火锅的黑店，却被同校同学李默森无意间搅局，因此认定他与黑店勾结、助纣为虐。为了报复，黄梓晨多次设计整治李默森，但都以失败告终。随后，她决定先用美色让这个呆萌学霸爱上自己，再将其无情抛弃，以达到诛心的目的。
与此同时，野心家陈草莓因意外捡到李家父子带到地球的外星矿石，摇身成为能源大鳄。为了开发生物能源，他一直在暗中搜寻这对外星父子的下落，企图将他们解剖研究；此外，他也觊觎黄梓晨父亲掌握的量子分离技术。
面对这个共同的强大敌人，李默森和黄梓晨的命运逐渐被紧紧联系在一起。女校霸与呆萌外星人最终携手并肩，共同对抗陈草莓及其背后的邪恶势力。
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