《X档案：我要相信》故事发生在2002年《X档案》事件六年后。前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任一所教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则选择隐居生活，却依然持续关注超自然现象。
一天，FBI探员找到两人寻求帮助。此前一段时间，维吉尼亚州接连有多名女子神秘失踪，其中还包括一名联邦探员。神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称自己看到了案件发生的画面，FBI因此希望拥有丰富超自然案件调查经验的穆德和斯科莉重新携手，协助查明真相。然而，随着调查逐步深入，两人发现隐藏在案件背后的黑暗远比想象中更加复杂和可怕。这对合作多年的搭档，也因此迎来了前所未有的考验。本片是同名美剧的第二部剧场版。
