《京都妖狐志》讲述了京城接连发生离奇自杀案后，铁案门名捕“神鹰”奉命展开调查。他根据现场留下的蛛丝马迹，锁定东才书院为关键所在，并断定真正的凶手就隐藏其中。为查明真相，神鹰乔装成学生潜入书院，暗中追查幕后之人。
与此同时，民间渐渐流传起妖狐杀人的说法，也让神鹰意识到，这场连环自杀案远比表面看起来更加复杂。随着调查步步深入，他发现案件竟与一年前发生的另一宗命案有着密切关联。历经重重阻碍后，神鹰终于找到破案的关键，并准备将凶手缉拿归案。然而这一次，为了揭开妖狐杀人的真相，他不得不拿自己的性命作为赌注。
