《宇宙船长哈洛克 1》改编自松本零士的经典科幻漫画。故事发生在一个无法确定是过去还是未来的时代，人类曾大规模向宇宙殖民。当人口膨胀至五千亿，散居宇宙各处的人类纷纷返回故乡地球，却由此爆发了伤亡惨重的归乡战争。为了守护这片被视为圣地的土地，人类制定了“盖亚制裁”，约定任何人都不得染指地球。
然而，曾任联合舰队舰长的哈洛克公然背叛盖亚制裁，驾驶阿尔卡迪亚号升起叛旗，成为逃亡百年的通缉犯。联合舰队长官伊索拉于是指使弟弟亚马潜入阿尔卡迪亚号，调查尼伯龙根人发明的永动机究竟隐藏着怎样的秘密。与此同时，哈洛克带领船员们驾驶战舰，逐步向地球逼近。
