《必杀第四号》以江户时代的某个町为背景。一名下级武士因上级失信而愤怒挥刀，将长官杀死，整个地方随之陷入混乱。事后，中年武士中村主水（藤田まこと 饰）被推出来当代罪羔羊，不仅遭到降职，还被削减俸禄。没过多久，年轻英俊的奥田右京亮（真田広之 饰）赴任成为新的长官。
与此同时，一伙穷困潦倒的浪人不断骚扰当地百姓的居所，混乱之中，一名老人不幸丧命。恰好在附近闲逛的主水察觉此事并不简单，于是暗中展开调查。老人的女儿为了替父亲报仇，不惜出卖身体筹钱，只为雇人除掉那些浪人。调查期间，主水结识了带着两个孩子的浪人文七（千葉真一 饰）。两人从冲突相识，主水随后请文七替自己查探右京亮的身世，最终发现这位新任长官与浪人集团之间存在着千丝万缕的联系，一场隐藏在混乱背后的阴谋也逐渐浮出水面。
