《忍者乱太郎》将故事设定在战国时代。出身贫困家庭的少年乱太郎（加藤清史郎 饰）为了成为出色的忍者，进入一流的忍者学校忍术学园求学。在一年叶组（一年は组）就读期间，他结识了贪吃嗜睡的新兵卫（木村风太 饰）、靠多份兼职维持生活的孤儿雾丸（林辽威 饰），以及许多同龄伙伴。小忍蛋们每天接受紧张而有趣的训练，校园里也总是充满各种令人捧腹的插曲。
第一年暑假，四年叶组的齐藤鹰丸（沟口琢矢 饰）和父亲齐藤幸隆（鹿贺丈史 饰）遭到刺客万寿鸟（竹中直人 饰）与土寿鸟（石垣佑磨 饰）的袭击。事件逐渐演变成忍术学园与稗田八方斋（松方弘树 饰）率领的毒竹忍者队之间的激烈对抗。为了敲响打鸣寺的钟声，忍蛋们将与毒竹忍者展开一场充满挑战的较量。本片改编自尼子骚兵卫连载长达26年的国民漫画《落第忍者乱太郎》。
