地球物理学家田所雄介博士（小林桂树 饰）率领团队前往深海进行科考时，意外发现海底出现异常龟裂和乱泥流。经过一系列调查，他得出一个令人震惊的结论：日本列岛将在一年后彻底沉没。然而，日本政府官员认为田所博士的预测不过是毫无根据的谎言。只有山本首相（石坂浩二 饰）意识到事态的严重性，并任命田所的前妻鹰森沙织（大地真央 饰）担任危机管理大臣，与田所博士及其团队共同寻找拯救日本的方法。
灾难很快从北海道开始蔓延，日本各地相继发生大规模地质灾害，整个国家陷入恐慌。面对不断恶化的局势，政府束手无策，原本制定的海外移居政策也完全无法应对，日本诸岛即将全部沉没的现实正一步步逼近。最终，田所博士和科考队员们终于找到了拯救日本的办法，但要将这一方案付诸实施，仍然面临重重困难。
本片改编自日本科幻小说家小松左京的同名畅销小说，投资高达20亿日元，是近年来日本影坛投资规模和宣传力度最大的灾难片之一。
