《水手长的故事》讲述了新入伍的战士李正良（赵矛饰）的成长经历。自幼怀有英雄情结的他，对水手长陈福海（孟庆良饰）在日常训练中的严格要求颇有不满。一次演练中，因缺乏敌情观念，李正良受到陈福海的批评，心中很不服气。
解放大东岛的战斗打响后，急于立功的李正良奉艇长命令，与陈福海一同接应侦察小组。临行前，陈福海反复叮嘱他务必沉着冷静，不能惊动敌人，以免造成严重后果。然而，经验不足的李正良过早暴露目标，引来敌人的猛烈火力。危急关头，陈福海毅然吸引敌人火力，使李正良得以安全脱险。亲身经历这一幕后，李正良深受触动，陈福海不顾个人安危的革命英雄主义精神使他明白，个人英雄主义不仅不能帮助战斗，还可能带来严重危害。
