《湖杀令》讲述了抗战时期一场围绕日军王牌飞行员展开的生死较量。日军战机突袭中山舰时，正在执行特别任务的大岛浩途经金口上空，临时决定参战，却被击落，随即下落不明。由于大岛浩身上携带着绝密文件，他的失踪令日方陷入恐慌。日军一面命令大岛雄全力营救，另一面派出影子杀手，准备在营救失败后将其灭口。
与此同时，国民党派出海军特战队搜捕大岛浩，并下令一旦无法生擒便将其击杀；共产党则派出中南局特训队员许岚，担任梁子湖游击队政委，负责搜寻这名日军飞行员。三方势力围绕大岛浩展开了寻找、营救、抓捕与反营救的激烈博弈。
许岚临危受命，在前往梁子湖赴任途中凭借机智成功抓获大岛浩。为救出弟弟，日军特战队长大岛雄亲自赶赴梁子湖，实施强硬的营救计划；国民党海军情报参谋梁桥生也率领行动队暗中进入梁子湖。一纸“湖杀令”令这片湖区陷入腥风血雨。
曾经自负的大岛浩，在残酷的现实中逐渐看清了日军和哥哥对自己的利用，也意识到战争的丑恶以及自身所犯下的罪行。最后关头，他放弃了日军的营救选择，与那个早已变成战争魔鬼的哥哥大岛雄同归于尽。
