《灰眼珠的男孩》的故事发生在1940年6月的法国巴黎。面对一触即发的战火，单身母亲奥迪尔（艾曼纽·贝阿 Emmanuelle Béart 饰）带着两个孩子菲利普（格雷戈瓦·勒普兰斯-林盖 Grégoire Leprince-Ringuet 饰）和凯西（Clémence Meyer 饰）惶惶不安。枪炮声终于响彻街头后，奥迪尔毅然加入逃亡的人群，带着孩子踏上漫长而未知的旅途。年幼的菲利普和凯西无法理解母亲为何要背井离乡，也不明白这场逃亡究竟将把他们带向何方。途中，德国飞机对逃难队伍展开了残酷轰炸，母子三人虽然侥幸逃过一劫，所有家当却在熊熊烈火中化为乌有。正当他们失去依靠、不知该如何继续时，一个名叫伊万的男孩（加斯帕德·尤利尔 Gaspard Ulliel 饰）出现在了他们面前。
