《狐闹干探2》中，叶家灭门案尚未正式结案，沈琦的遗骸却再次引发一连串灵异事件。此时，沈琦的表妹、在海外留学多年的物理学家沈玉及时回国，并借助自己对“暗物质”的量子物理研究，揭开了真相：巫女曲南燕并没有死去，而是附身在叶家老太太身上。
阴谋败露后，曲南燕杀死叶老太太，盗走《山海经异术录》，试图借此重塑肉身。复原后的她变得更加疯狂，不仅操纵尸偶袭击众人，还控制叶家镇的镇民，将他们变成修炼九尾狐的工具。沈玉协助阿离、包天耀和春翰展开营救，然而曲南燕却控制了阿离最亲近的童年伙伴阿忠，并杀害了春翰探长。无奈之下，阿离只能用狐火烧死阿忠。
接连失去亲人和挚友的阿离、包天耀与沈玉悲痛万分，而叶家镇也陷入前所未有的危机。为阻止曲南燕继续将镇民变成尸偶，沈玉利用阿离血液中的能量制造出暗物质能量枪。最终，阿离将妖丹之力注入枪中，与包天耀并肩作战，成功击败了曲南燕。
