老鼠危机：塞纳河之乱将故事置于法国巴黎的垃圾堆街。这里的老鼠不仅数量惊人，体型也异常庞大，短短一周内便发生了3起老鼠咬人事件。医院接连收治伤者，其中包括在泳池里被老鼠咬伤的病人，以及同样遭到凶猛老鼠袭击、因头晕出汗而住院的除鼠工保罗。与此同时，一只走失的小猫掉进垃圾桶，最终被老鼠啃食得只剩骨头。
随着调查深入，人们发现老鼠拥有惊人的繁殖能力，它们的巢穴竟藏在医院实验室一处潮湿温暖的废旧仓库中。老鼠以此为据点四处出击，受伤人数不断增加。医生利用激素将老鼠聚集到游泳池，准备调动军队将其彻底消灭，连带有病毒抗体的小白鼠也将被一并处理。然而，致病的老鼠并未被完全清除。就在远处，新的一窝老鼠已经悄然出生。
