《飞刀》故事发生在1939年的扬州。日军占领扬州后烧杀抢掠，无恶不作。城中有位靠卖艺为生的艺人，因一手飞刀绝技被人称为“飞刀”，他常与小妹一同在街头表演。一次，日本兵对小妹起了歹念，小妹在百般屈辱和无奈之下投河自尽。悲痛欲绝的飞刀于是挥刀反抗，接连刺杀多名日军。然而他终究寡不敌众，危急关头，一群蒙面人突然出现，将他救走。
仙女镇的营长刘瞎子原本是劫富济贫的响马。因为不愿向日军投降，日军攻占他的山寨，烧毁营地，还奸污了他的妻女。此后，刘瞎子带着部下投奔韩得勒，在仙女镇驻扎下来。
扬州自古盛产美女，镇上阿莲、荷花姐妹便有着出众的容貌。姐妹俩经营一家酒栈，在奸商、地痞和特务之间艰难周旋，勉强维持生计。一夜，阿莲外出进酒，喝醉的刘瞎子闯入酒栈，强暴了熟睡中的荷花。阿莲回来得知真相后，悔恨交加。后来，刘瞎子又在欲望驱使下找上荷花，企图强娶她为妻。荷花愤怒斥责并与他厮打，恰在此时飞刀赶到。两人为争夺荷花发生冲突，恼羞成怒的刘瞎子拔枪射向飞刀，飞刀则甩出利刃，直刺刘瞎子的咽喉。与此同时，日军也闯入镇中施暴，为掩护飞刀，荷花挺身迎向了日本兵。
