明朝成化年间，朝廷腐败不堪，奸佞横行。东厂、西厂皆被宦官掌控，他们颠倒黑白、构陷忠良，令朝野上下人人自危。赵怀安（李连杰 饰）等流亡剑客不甘沉默，挺身而出，接连除掉东厂多名奸臣，也因此成为宦官势力的眼中钉。
此时，声势正盛的西厂督主雨化田（陈坤 饰）亲自介入其中。另一边，身怀有孕的宫女素慧容（范晓萱 饰）拼死出逃，遭到雨化田手下追杀，危急之际被神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）救下。两人一路躲避追兵，辗转来到关外，投身于曾经掀起腥风血雨的龙门客栈。
这座客栈依旧危机四伏。雨化田的手下追踪而至，与早已抵达的鞑靼商队形成剑拔弩张之势。就在局势愈发紧张之时，一名与雨化田容貌极其相似的卜仓舟（陈坤 饰）和女侠客顾少棠（李宇春 饰）也住进了客栈。不久后，赵怀安一行人悄然赶到。正邪各方势力齐聚龙门客栈，一场新的较量即将爆发，而隐藏其中的惊天秘密也将随之揭开。
