《与你再遇鲜花盛开之丘》讲述了少女百合与特攻队员彰跨越时空的相遇，以及那段注定无法长久的羁绊。
身为女子高中生的百合，对母亲和学校生活都感到烦躁不已。一次与母亲争吵后，她离家出走，没想到再次睁开眼时，竟来到了七十年前、战争时期的日本。
百合被偶然经过的彰救下，随后与他一同生活。在相处的过程中，她逐渐被彰的真诚与温柔吸引。然而，彰是一名特攻队员，等待他的命运，是赌上所剩无几的生命飞往战场。就在这段感情不断加深之际，百合偶然得知了彰真正的心意。即使两人注定无法再次相见，那份思念也将永远埋藏在彼此心中。
