《给爸爸的信粤语》讲述了大陆卧底公安巩伟（李连杰饰）的故事。由于长期执行任务，巩伟无法陪伴身患重病的妻子，也没能给予懂事且武艺高强的儿子巩固（谢苗饰）足够的关爱。就在妻儿最需要他的时候，巩伟奉上司命令，假扮罪犯，与大陆抓获的香港黑道分子小黑（柯受良饰）一同逃脱，前往香港潜入甫光（于荣光饰）的犯罪团伙。
在一次炸弹交易中，巩伟与甫光团伙发生黑吃黑的火并，并在混战中救下香港督查方逸华（梅艳芳饰）。凭借过人的身手，巩伟逐渐取得了甫光的信任。方逸华随后来到北京调查巩伟的真实身份，得知了他的卧底任务。巩伟的妻子去世后，方逸华带着巩固前往香港寻找父亲，却因上司泄露巩伟与巩固的父子关系，使巩伟陷入更大的危险之中。与此同时，甫光策划的拍卖会抢劫行动也即将展开。
