《木匠之子》的故事发生在罗马帝国统治下的埃及。为了躲避追杀，一个家庭隐姓埋名，过着隐秘而艰难的生活。家中年幼的儿子被称为“男孩”，由被称为“木匠”的监护人抚养长大。然而，随着年龄增长，男孩开始质疑木匠的真实身份，也逐渐不再相信他传授的一切教诲。
男孩体内沉睡着一种神秘而强大的超自然力量。成长带来的反叛令这股力量逐步苏醒，并渐渐失去控制。每当他施展能力，现实脆弱的平衡便会被打破，随之而来的反噬也愈发可怕。这个家庭不仅要躲避罗马士兵的追捕，还必须面对因亵渎神明而降临的超自然灾厄：尼罗河水逆流，古老邪灵在沙暴中显现，瘟疫以违背自然规律的方式蔓延。
在外部世界的追杀与男孩体内逐渐失控的神性或魔性灾难之间，这个家庭被困在双重恐惧的夹缝中，竭力求生。
