《双面宠妃闯关记》的故事发生在无双国。新国王外出时，意外与一名女乞丐互换了灵魂。无奈之下，两人只能共同返回皇宫，闯入宫廷与后宫生活，由此引发一连串啼笑皆非的闹剧。为了找回各自的身体，他们一边寻找灵魂互换的方法，一边以对方的身份经历截然不同的人生。
在相处与磨合中，两人的人生观和价值观逐渐发生改变。男主开始重新认识女性，女主也改变了对出身显贵之人的看法。两人从最初的错乱与不适，到后来默契配合、携手治国，彼此之间也悄然生出莫名的情愫。最终，他们找出了幕后操作者，并成功换回了自己的身体。
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