《大客栈》以1940年日占伪满洲国时期的哈尔滨为背景。深受日本人信任的哈尔滨最大客栈女掌柜赵紫兰，是一名美丽的寡妇。一次阴差阳错，她将从延安派往哈尔滨、负责接应抗联的共产党干将林卓英，误认为是已经去世五年的丈夫。
为了完成任务，林卓英将错就错，冒充赵紫兰的丈夫留在客栈。他一边沉着应对各方试探，严格遵守纪律，成功隐蔽下来；一边以民族大义逐渐感化赵紫兰。两人携手将失散的抗日武装力量重新聚集到客栈，一支新的抗日小分队由此成立。他们劫取粮仓、救济百姓，并与狡猾的日军司令村上展开斗智斗勇的较量。
村上设下了一个惊天陷阱。身陷重重危机之际，抗联成员意外揭开了日军暗中实施的“冰血计划”——一项足以颠覆战争格局、涉及新型重金属能源的秘密计划。为了摧毁冰血计划，抗联众人相继牺牲，赵家客栈也因此成为敌人的众矢之的。危急关头，林卓英用生命保护了赵紫兰。此后，赵紫兰继承他的遗志，坚定地踏上抗日之路，誓言敌人不亡，战斗不止。
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