该剧围绕在琅琊阁学艺的萧平旌展开，讲述他为调查兄长、长林军副帅萧平章一案下山，由此卷入关乎大梁安危的重重危局。
大梁表面政局平稳，边境却战事频仍。镇守北境的长林军屡立战功，声名显赫。一次北境交战中，内阁首辅荀白水暗中切断前线补给，长林军陷入苦战，副帅萧平章身受重伤。远在琅琊阁的萧平旌得知消息后下山查案，试图揭开兄长受伤背后的真相。
三十年前，邻国夜秦爆发疫情，大梁为求自保封闭国道。濮阳缨因灭国之仇潜伏大梁，并与琅琊榜第一高手、东海国主墨淄侯联手，暗中削弱梁帝的势力，瓦解长林府。两人潜入京城四处投毒，使疫情迅速蔓延。濮阳缨更设下毒局，令萧平旌和萧平章先后中毒。此时北境战事告急，萧平章放弃救治，赶赴前线支援，最终毒发身亡。
一年后，梁帝驾崩，大渝乘机进犯大梁。荀白水与莱阳王萧元启诱使年幼的新帝下旨，禁止边境擅自兴兵。萧平旌抗旨出征，击溃大渝军队，却因此导致长林军编制被废除。与此同时，萧元启与墨淄侯暗中勾结，走上卖国谋逆之路，萧平旌也在危急局势中再次被卷入更大的风波。
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