《青青子衿》的故事发生在都城的竹岫书院。这所专门培养年轻诗人的学府，人才辈出，每年科举前三甲几乎都出自其中，因此一直备受学子向往。
为选拔民间贤才、振兴当朝诗词文化，竹岫书院举办了“麒麟诗考”，并从中选出诗作最佳者，授予“麒麟魁首”之名，破格进入书院求学。寒门学子骆秋迟自幼天资聪颖，十岁参加科考却不幸落榜，随后意外遭人追杀，只得躲进东夷山，成为一名土匪。多年以后，他机缘巧合地结识了竹岫书院女学生闻人隽。一次意外中，骆秋迟获得了当年追杀自己的凶手线索，于是以“麒麟魁首”的身份进入竹岫书院，一面寻找真凶，一面立志再次参加科举，考取状元。
在书院求学期间，骆秋迟与闻人隽逐渐展开了一段曲折而浪漫的感情，同时也暗中调查当年的真相。然而随着线索深入，他发现凶手竟与闻人隽的父亲有关，不得不在爱情与复仇之间艰难抉择。与此同时，他的土匪身份也险些使自己失去参加科举的资格。入学后，骆秋迟还与书院排名第一的付远之因作诗风格不同而产生分歧，最终骆秋迟在一场诗词……
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