《大清神捕2》延续阎王宝藏一案后的故事。梅雨墨继承帝位，白雪晴则离开京城。数年后，阳城突发瘟疫，疫情一路蔓延至京城。为查明民情，梅雨墨带着佟安出宫微服私访，却在一家黑店中陷入危机，幸得日本女孩晴明出手相救。与此同时，白雪晴与秦三川一同进京，调查瘟疫爆发的真正原因。一次意外中，分别多年的白雪晴与梅雨墨匆匆重逢。皇城深处，权势滔天的六贝勒与仁贵妃似乎也在酝酿一场不可告人的阴谋。随着帝国主义势力逐渐渗透，大清王朝风雨飘摇，江山危在旦夕。
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