故事发生在互联网系统高度发达的都市“DEN CITY”。由巨型企业“SOL技术社”运用先进网络技术打造的VR空间“LINK VRAINS”，让人们得以沉浸其中，体验前所未有的决斗乐趣。然而，这片虚拟世界里却出现了一个通过决斗实施黑客行动的神秘组织——“海诺因骑士团”。他们的目标，是摧毁存在于互联网某处、被称为“AI们的世界”的“电子界”。
面对这场足以威胁整个世界的危机，一名决斗者挺身而出。他就是“Playmaker”。在那场被称为传奇的战斗中，Playmaker凭借压倒性的决斗实力击败了“海诺因骑士团”，并成功捕获了同时被“SOL技术社”与“海诺因骑士团”觊觎的神秘AI程序。世界因此暂时得救，但Playmaker却突然销声匿迹，很快便在网络世界中声名远扬，成为传说。
如今，作为Playmaker真实身份的高中生藤木游作，为了查明过去某起事件背后的真相，开始追踪再次出现在“LINK VRAINS”中的“海诺因骑士团”。命运的齿轮也由此重新转动：神秘AI的真正身份是什么？“海诺因骑士团”盯上“LINK VRAINS”的目的究竟为何？隐藏在游作过去的真相又是什么？所有答案，都将在“LINK VRAINS”中揭晓。
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