在那个国度，巨龙一直栖息于此。传说中，远古人类曾与龙缔结契约：龙帮助人类，而人类也必须守护龙。故事发生在被称为“龙之国”的地方，年轻的新手牙医野野子肩负着保护国家守护神“龙”、防止其遭受蛀牙菌侵害的职责。
邻国之间的战争日益激烈。一天，野野子在龙的牙齿上发现了一名昏迷的敌国少年兵。少年名叫贝尔，据说他是因龙在巨大灾难来临前引发的神秘现象，从巨大的牙齿内部重新复活的生命。面对自身的处境，贝尔感到迷惘，而野野子则不断鼓励他，并接纳他成为龙的牙医。
在被卷入一场场惨烈战斗的过程中，两人逐渐直面各自的命运，并最终选择接受它。龙的牙医以前所未有的宏大规模，讲述了一段充满冒险与奇幻色彩的故事。
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