现任公安九课少校的草薙素子（坂本真绫配音）奉课长荒卷大辅（塾一久配音）之命，前往调查一架运输机遭神秘“并机”的事件。调查途中，她遭到巴特（松田健一郎配音）率领的武装分子袭击。与此同时，全国各地的交通管制系统接连陷入瘫痪。事件的源头指向前七八联合部队长官曾我和哉（泽木郁也配音）：他因制造难民虐杀事件受到国家指控，而曾我的下属则坚信这不过是一场由国家策划的阴谋。为洗清罪名，曾我试图借助网络揭露大国的丑行。随着调查深入，素子逐步接近真相，也朝着组建属于自己的部队迈出了重要一步。本片是《攻壳机动队》前传“ARISE”系列的第二部。
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