《霸王大系龙骑士》的故事发生在名为阿斯提尔的世界。世界中心矗立着一把直插云霄的巨剑“大地之剑”，它同时也是封印邪龙族、阻止其入侵的结界。每隔一千年，封印力量便会陷入低潮，邪龙族也会趁机发动侵略。每当这一时期来临，大陆上便会出现驾驭生命体机甲“龙”的勇士，与邪龙族展开战斗。而故事开始时，封印力量衰弱的千年之期再度逼近。
男主角亚迪自幼是个孤儿，后来被身为海盗的养父收养。年幼时，他曾和养父的女儿、自己的姐姐在丛林中玩耍，偶然目睹一名神秘龙骑士与怪物交战的场面，从此立志成为最强的骑士。一次修行途中，亚迪遇见了一位老人。老人将一张卡片交给他，并教会他召唤卡片中的龙骑士。临别前，老人告诉亚迪，若想成为骑士中的骑士，就必须前往大地之剑。于是，亚迪踏上了旅程。
一路上，亚迪结识了驾驶龙法师的魔法使柏菲、驾驶龙僧侣的僧侣伊兹米，以及驾驶龙忍者的忍者猿飞，伙伴也在旅途中不断增加。与此同时，他还遇到了宿敌黑骑士嘉鲁登，对方驾驭着黑暗龙骑士。面对接连而来的危机，亚迪与同伴们并肩作战，最终团结一心，在大地之剑上与邪龙族展开决战，成功击溃邪龙王，守护了阿斯提尔世界。
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