《小姨怀春》讲述了何家围绕“添丁”引发的一连串误会。何杰是家中三代单传，何老太和老伴一直盼望早日抱上孙子。小姨婉菁陪何老太到机场，迎接刚从海外回来的姐姐婉萍与姐夫。由于听错了两人的谈话，何老太误以为媳妇已经怀孕，满心欢喜。
回到台湾后，何杰恰逢要参加一场重要宴会，而婉萍因为必须在家招待亲朋无法出席，只好请妹妹婉菁代为赴宴。婉菁陪着姐夫登场时打扮得雍容华贵，又在交谈中展现出对药理的了解，令在场宾客赞叹不已。她也因此兴致大增，把姐姐的身份演得惟妙惟肖。
为了不让两位老人失望，何杰只好将这个误会继续下去，并想到婉菁在医院工作，便请她帮忙安排检查，弄一份假孕检报告。没想到婉菁一时紧张，错把另一对何姓夫妻因无法生育所做的检查报告，当成了姐姐的验身报告，结果引发了一连串令人啼笑皆非的闹剧。
喜剧片