《甲午风云》讲述了1894年中日甲午战争前后的风云变幻。早已蓄谋侵华的日军在中国领海内不断挑起事端，昏庸怯懦的西太后为求息事宁人，派北洋大臣李鸿章（王秋颖）及其亲信、“济远”号管带方伯谦（周文彬）等人前往与日军交涉。不料日军傲慢无礼，竟将中国商船击沉。以“致远”号管带邓世昌（李默然）为代表的爱国官兵先后两次请命出战，却都遭到李鸿章拒绝；后来，李鸿章借邓世昌揭发方伯谦渎职之机，将方伯谦革职。
日军随后不宣而战，激起中国民众的强烈愤慨。迫于压力，李鸿章重新启用邓世昌。海战打响后，贪生怕死的北洋水师右翼总兵刘步蟾（李颉）误打旗号，导致北洋舰队出师不利，旗舰也被日军击沉。危急关头，邓世昌立即挂起帅旗，代替旗舰指挥作战，率领“致远”号官兵与日军展开殊死搏斗，展现出英勇无畏、可歌可泣的爱国精神。
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