《侠盗石川》将故事置于16世纪末的日本。本能寺之变中，明智光秀杀死了距离统一天下仅一步之遥的织田信长，随后丰臣秀吉（奥田瑛二 饰）率军击败明智光秀，建立丰臣政权，日本也迎来了久违的和平。
十五年后，太平盛世之下，专门劫富济贫的石川五右卫门（江口洋介 饰）已经名震四方，深受贫苦百姓爱戴。一次盛典之夜，他潜入富豪家中行窃，却意外引发惨剧：富豪及其家人遭到五奉行之一的石田三成杀害。原来，五右卫门顺手带走了一个隐藏惊天秘密的匣子，之后又将它随手丢弃。得知事情经过后，他次日赶往贫民窟寻找匣子，而石田三成也派出忍者雾隐才藏（大泽隆夫 饰）追查其下落。随着双方不断交锋，一场围绕神秘匣子的激战就此展开，而这个掀起腥风血雨的匣子，究竟隐藏着怎样的秘密？
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