《南粤刑侦档案》讲述了南粤城市清江市刑侦支队侦破制毒、贩毒及绑架案件的故事。案件始于一名体内藏毒的女子在街头遭一群小混混追赶，因体内毒品包装破裂，当场暴毙。刑侦支队队长王海涛和副支队长郭星带队展开调查之际，清江市文化局长又遭人绑架。原来，文化局长因公开招标文化局一块闲置土地的开发权，得罪了某贸易公司的幕后老板，对方遂指使手下将其绑走。
刑侦支队决定将两案并查，并在调查绑架案的过程中意外发现，文化局长被关押的地点竟是一处制毒基地。随着线索逐渐交汇，警方确认绑架案与毒品案均由同一犯罪团伙实施。经过一番曲折侦查，刑侦支队联合特警与犯罪分子展开激烈枪战，最终将涉案人员全部抓获，并成功逮捕幕后黑手——某银行行长。至此，两起案件一举告破。
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