《特殊身份》中，陈子龙（甄子丹饰）身手不凡，是潜伏黑道多年的卧底，也是老大长毛雄（邹兆龙饰）最信任的得力助手。然而，长期承受的压力、雄哥逐渐升起的疑心，以及母亲（鲍起静饰）受到生命威胁，让他迫切希望恢复警察身份，尽快脱离黑道。
此时，长毛雄派陈子龙前往内地调查组织成员Sunny罗志伟（安志杰饰）。Sunny来自美国唐人街，早年曾与陈子龙一同闯荡江湖，如今势力日益壮大，并暗中吞掉了雄哥的一批货。与此同时，陈子龙的上司张Sir（郑中基饰）也以恢复职务为条件，要求他调查Sunny的底细。
然而，这次内地之行远比想象中危险。Sunny狡猾狠辣，陈子龙与内地警方的合作又不断产生冲突，神秘刺客刀锋（张涵予饰）更是神出鬼没。随着调查深入，陈子龙逐渐被卷入一场危机四伏、阴谋交织的漩涡之中。
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